Kız Kulesi‘nin ulaşılmazlığı nedeniyle, insanlar onun içinde yaşanılanlar hakkında çok fazla bilgiye sahip olamamışlar ve içi ile ilgili hikayeler anlatmak ve düşler kurmak ile yetinmişlerdir. Kız Kulesi ile ilgili anlatılan ilk hikaye; Ovidius‘ un kaydettiği bir aşk hikayesidir. Hero ile Leandros adlı iki gencin hüzünlü aşkını anlatan bu hikaye, Hero’ nun kuleden ayrılmasıyla başlar. Hero Afrodit’ in rahibelerindendir ve aşka yasaklıdır. Yıllar sonra Afrodit’ in tapınağında yapılan bir törene katılmak için kuleden ayrılır ve orada Leandros ile karşılaşır. Birbirine aşık olan iki genç, Leandros‘ un gece kuleye gelmesi ile aşklarını kutsarlar. Kız Kulesi her gece iki gencin gizli aşkına  tanıklık eder. Leandros‘ un yüzerek kuleye geldiği fırtınalı bir günde Hero’ nun yaktığı sevda ateşinin feneri söner. Karanlıkta yolunu kaybeden Leandros boğazın sularına gömülür. Sevgilisinin öldüğünü gören Hero da kendini Kız Kulesi‘nden boğazın sularına bırakır.

Kavuşamayan aşıklara atfen anlatılan bu hikayeden başka bir de; Kleopatra‘ nın sonuna benzer bir sonun anlatıldığı yılan hikayesi vardır. Kehanete göre kralın birine, çok sevdiği kızı on sekiz yaşına geldiğinde bir yılan tarafından sokularak öleceği söylenir. Bunun üzerine kral denizin ortasındaki bu kuleyi onararak kızını buraya yerleştirir. Kaderin kaçınılmazlığını kanıtlarcasına, kuleye gönderilen üzüm sepetinden çıkan bir yılan, prensesin tenine süzülerek zehrini boşaltır. Kral, kızına demirden bir tabut yaptırarak Ayasofya‘nın giriş kapısının üstüne yerleştirir. Bugün bu tabutun üstünde iki delik vardır. Yılanın, ölümünden sonra da onu rahat bırakmadığına dair hikayeler anlatılır.
En son anlatılan hikaye ise Osmanlı Dönemi ile ilgilidir. Battal Gazi’ nin askerleri ile Kız Kulesi‘ne baskın yaparak kuleye saklanan hazinelerin ve Üsküdar Tekfuru‘ nun kızını kaçırdığı ile ilgili hikayedir. Battal Gazi tekfurun kızı ve hazinelerini aldıktan sonra Üsküdar‘ dan atına atlayıp oradan uzaklaşmıştır. Çokça bilinen “Atı alan Üsküdar‘ ı geçti” lafı bu hikayeden gelir. Bu hikayeden günümüze gelen bir diğer şey de küçük kulenin ismi ile ilgilidir. Diğer efsanelerdeki prenseslere de atfen Türkler buraya Kız Kulesi ismini vermişlerdir. Antikçağ’ da Arkla (küçük kale) ve Damialis (dana yavrusu) adları ile anılan kule, bir ara da Tour Leandros ismi ile ün yapmıştır. Şimdi ise “Kız Kulesi” ismi ile bütünleşmiş ve bu ismi ile anılmaktadır. Kız Kulesi Tarihi / Kız Kulesi Maketi